COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-18 17:00:00 2.318952 2.318952 2.902908
2021-06-17 17:00:00 2.665138 2.665138 2.977621
2021-06-16 17:00:00 2.876397 2.876397 3.045462
2021-06-15 17:00:00 2.260976 2.260976 3.090221
2021-06-14 17:00:00 3.780900 3.780900 3.203611
2021-06-13 17:00:00 3.425164 3.425164 3.294591
2021-06-12 17:00:00 3.148297 3.148297 3.366068

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-18 17:00:00 1.781896 2.525253 2.456397
2021-06-17 17:00:00 2.231237 2.231237 2.523483
2021-06-16 17:00:00 2.803738 2.803738 2.663458
2021-06-15 17:00:00 2.401372 2.401372 2.695592
2021-06-14 17:00:00 2.127660 2.626263 2.673518
2021-06-13 17:00:00 1.408451 1.408451 2.745106
2021-06-12 17:00:00 2.172285 2.888446 2.821945

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-18 17:00:00 4.861111 4.861111 6.646083
2021-06-17 17:00:00 10.097720 10.097720 6.823294
2021-06-16 17:00:00 6.751055 6.751055 6.963725
2021-06-15 17:00:00 9.090909 9.090909 7.197349
2021-06-14 17:00:00 1.162791 0.325203 7.394076
2021-06-13 17:00:00 14.673913 8.794788 7.606123
2021-06-12 17:00:00 3.768116 3.768116 7.815168

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-18 17:00:00 3.543488 3.543488 3.367013
2021-06-17 17:00:00 3.209302 3.209302 3.406195
2021-06-16 17:00:00 2.896007 2.896007 3.499697
2021-06-15 17:00:00 1.580247 3.555556 3.472856
2021-06-14 17:00:00 2.163462 3.338068 3.481782
2021-06-13 17:00:00 4.989605 3.471553 3.630240
2021-06-12 17:00:00 3.857281 3.857281 3.661313

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-18 17:00:00 4.881387 4.881387 6.075266
2021-06-17 17:00:00 9.022039 9.022039 5.463842
2021-06-16 17:00:00 16.356513 16.356513 4.934586
2021-06-15 17:00:00 18.085106 18.085106 4.541929
2021-06-14 17:00:00 19.512195 19.512195 4.437252
2021-06-13 17:00:00 3.667665 3.667665 4.244160
2021-06-12 17:00:00 3.063565 3.063565 4.066421

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-18 17:00:00 4.637492 4.637492 6.148479
2021-06-17 17:00:00 6.425993 6.425993 6.415954
2021-06-16 17:00:00 3.935310 3.935310 6.479217
2021-06-15 17:00:00 2.323330 2.323330 6.566839
2021-06-14 17:00:00 17.838542 17.838542 6.947596
2021-06-13 17:00:00 10.049020 10.049020 7.190384
2021-06-12 17:00:00 6.885246 6.885246 7.355655

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-18 17:00:00 2.180095 2.180095 1.789135
2021-06-17 17:00:00 2.024648 2.024648 1.908543
2021-06-16 17:00:00 2.777778 2.777778 1.921225
2021-06-15 17:00:00 1.096892 1.096892 2.037126
2021-06-14 17:00:00 1.049869 0.372266 2.084353
2021-06-13 17:00:00 1.222222 1.222222 2.093843
2021-06-12 17:00:00 2.616279 2.616279 2.141658

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-18 17:00:00 4.603821 4.603821 3.653364
2021-06-17 17:00:00 2.928870 2.928870 3.744248
2021-06-16 17:00:00 3.770103 3.770103 3.805293
2021-06-15 17:00:00 2.957393 2.957393 3.651056
2021-06-14 17:00:00 5.167598 2.935731 3.728134
2021-06-13 17:00:00 4.124716 4.124716 3.664459
2021-06-12 17:00:00 4.539164 4.539164 3.567092

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-18 17:00:00 1.545894 1.545894 1.240368
2021-06-17 17:00:00 1.491301 1.491301 1.272107
2021-06-16 17:00:00 1.127214 1.633606 1.261536
2021-06-15 17:00:00 0.601504 1.353383 1.271210
2021-06-14 17:00:00 0.768049 0.388954 1.259844
2021-06-13 17:00:00 1.351351 0.805802 1.330585
2021-06-12 17:00:00 1.528384 1.528384 1.362284

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-18 17:00:00 0.859793 1.836488 1.934420
2021-06-17 17:00:00 1.799007 1.799007 2.000157
2021-06-16 17:00:00 2.126952 2.126952 2.036811
2021-06-15 17:00:00 1.528769 1.528769 2.077518
2021-06-14 17:00:00 1.560588 2.132276 2.064623
2021-06-13 17:00:00 2.240823 2.240823 2.119422
2021-06-12 17:00:00 1.933869 1.933869 2.193051

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-18 17:00:00 2.522523 2.522523 2.092133
2021-06-17 17:00:00 1.772152 1.772152 2.202558
2021-06-16 17:00:00 2.165795 2.165795 2.247923
2021-06-15 17:00:00 1.437556 1.437556 2.312463
2021-06-14 17:00:00 1.094891 0.261097 2.334351
2021-06-13 17:00:00 3.163950 3.163950 2.536159
2021-06-12 17:00:00 3.177570 3.177570 2.799127

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-18 17:00:00 2.090592 1.108033 0.853108
2021-06-17 17:00:00 2.222222 1.069519 0.872304
2021-06-16 17:00:00 0.254453 0.254453 0.854225
2021-06-15 17:00:00 2.673797 1.069519 0.891600
2021-06-14 17:00:00 2.721088 1.108033 0.909430
2021-06-13 17:00:00 0.649351 0.649351 0.924202
2021-06-12 17:00:00 1.149425 1.149425 0.923431

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-18 17:00:00 6.428571 6.428571 3.679025
2021-06-17 17:00:00 8.154506 3.862661 3.832073
2021-06-16 17:00:00 4.444444 4.444444 3.877831
2021-06-15 17:00:00 1.415094 1.415094 3.951932
2021-06-14 17:00:00 0.000000 0.000000 3.933033
2021-06-13 17:00:00 18.604651 18.604651 4.187345
2021-06-12 17:00:00 2.780049 7.172996 4.310507

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-18 17:00:00 1.246106 1.246106 1.320473
2021-06-17 17:00:00 1.710731 1.710731 1.395572
2021-06-16 17:00:00 0.505689 0.505689 1.608694
2021-06-15 17:00:00 1.258993 1.258993 1.760460
2021-06-14 17:00:00 1.869159 0.311284 1.863805
2021-06-13 17:00:00 2.222222 2.222222 1.986099
2021-06-12 17:00:00 1.345291 1.345291 2.136072

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-18 17:00:00 0.974954 0.974954 1.633100
2021-06-17 17:00:00 1.466395 1.466395 1.749665
2021-06-16 17:00:00 1.666667 1.666667 1.865293
2021-06-15 17:00:00 1.374633 1.374633 1.942908
2021-06-14 17:00:00 3.063380 3.063380 2.015308
2021-06-13 17:00:00 1.966011 1.966011 2.109687
2021-06-12 17:00:00 1.648654 1.648654 2.248841

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-18 17:00:00 4.746977 4.746977 6.243354
2021-06-17 17:00:00 5.232558 5.232558 6.231561
2021-06-16 17:00:00 6.345609 6.345609 6.643125
2021-06-15 17:00:00 7.777266 7.777266 6.658482
2021-06-14 17:00:00 2.718334 2.718334 6.803181
2021-06-13 17:00:00 11.496063 11.496063 7.082091
2021-06-12 17:00:00 10.937500 10.937500 7.237644

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-18 17:00:00 0.494743 0.494743 1.230228
2021-06-17 17:00:00 0.147493 0.983284 1.190106
2021-06-16 17:00:00 1.715511 1.715511 1.248622
2021-06-15 17:00:00 1.403957 1.403957 1.239309
2021-06-14 17:00:00 3.179487 3.179487 1.220954
2021-06-13 17:00:00 0.717080 0.717080 1.254736
2021-06-12 17:00:00 0.806127 1.244555 1.276569

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-18 17:00:00 4.855755 4.855755 4.288614
2021-06-17 17:00:00 4.426325 4.426325 4.402440
2021-06-16 17:00:00 2.670482 2.670482 4.517106
2021-06-15 17:00:00 3.248335 3.248335 4.641525
2021-06-14 17:00:00 5.747532 5.747532 4.839236
2021-06-13 17:00:00 5.998033 5.998033 5.045242
2021-06-12 17:00:00 5.962367 5.962367 5.118833

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-18 17:00:00 1.329629 1.329629 1.761108
2021-06-17 17:00:00 1.103956 1.103956 1.877830
2021-06-16 17:00:00 2.061856 2.061856 1.950429
2021-06-15 17:00:00 1.093211 1.093211 1.999971
2021-06-14 17:00:00 4.057397 1.611002 2.099094
2021-06-13 17:00:00 2.583491 2.583491 2.210118
2021-06-12 17:00:00 3.087333 3.087333 2.288814

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-18 17:00:00 3.178484 3.178484 2.927103
2021-06-17 17:00:00 4.051173 4.051173 3.075656
2021-06-16 17:00:00 2.251407 2.251407 3.121996
2021-06-15 17:00:00 3.354633 3.354633 3.257797
2021-06-14 17:00:00 2.040816 0.798403 3.223680
2021-06-13 17:00:00 2.558140 2.558140 3.322806
2021-06-12 17:00:00 4.861111 4.861111 3.518030

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-18 17:00:00 1.428571 1.428571 1.679964
2021-06-17 17:00:00 3.030303 3.030303 1.723548
2021-06-16 17:00:00 0.961538 0.961538 1.809499
2021-06-15 17:00:00 1.840491 1.840491 2.033074
2021-06-14 17:00:00 5.128205 1.619433 2.123896
2021-06-13 17:00:00 0.645161 0.645161 2.284416
2021-06-12 17:00:00 1.600000 1.600000 2.433513

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-18 17:00:00 3.638201 3.638201 4.504538
2021-06-17 17:00:00 2.939759 2.939759 4.638316
2021-06-16 17:00:00 3.619130 3.619130 4.797415
2021-06-15 17:00:00 1.082504 4.255319 5.058630
2021-06-14 17:00:00 2.865762 11.387632 5.118112
2021-06-13 17:00:00 8.018433 8.018433 5.168192
2021-06-12 17:00:00 4.977712 4.977712 5.278241

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 1.781896 2.525253 2.456397
Basilicata 4.861111 4.861111 6.646083
Calabria 3.543488 3.543488 3.367013
Campania 4.881387 4.881387 6.075266
Emilia-Romagna 4.637492 4.637492 6.148479
Friuli Venezia Giulia 2.180095 2.180095 1.789135
Lazio 4.603821 4.603821 3.653364
Liguria 1.545894 1.545894 1.240368
Lombardia 0.859793 1.836488 1.934420
Marche 2.522523 2.522523 2.092133
Molise 2.090592 1.108033 0.853108
P.A. Bolzano 6.428571 6.428571 3.679025
P.A. Trento 1.246106 1.246106 1.320473
Piemonte 0.974954 0.974954 1.633100
Puglia 4.746977 4.746977 6.243354
Sardegna 0.494743 0.494743 1.230228
Sicilia 4.855755 4.855755 4.288614
Toscana 1.329629 1.329629 1.761108
Umbria 3.178484 3.178484 2.927103
Valle d'Aosta 1.428571 1.428571 1.679964
Veneto 3.638201 3.638201 4.504538

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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